Regroupés par thèmes dans les domaines du transport ferroviaire, de l'aviation, de la navigation spatiale, du transport routier, de la navigation et du tourisme, les documents sont actuellement au nombre de 150'000 environ.
Sur le plan du contenu, les archives se concentrent sur le thème "Transports et mobilité en Suisse". En plus des évolutions techniques des différents moyens de transport, de leur fabricant et de leur fonctionnement, elles s'intéressent aussi à leur impact sur l'environnement. À l'avenir, le Musée des Transports se propose de développer des connexions avec d'autres institutions qui se consacrent à la mobilité et à sa portée socioculturelle.